Ngày 21/07/2003, Liên doanh 5 đơn vị gồm Tổng Công ty Xây dựng Hà Nội, Công ty CP Đầu tư và Phát triển Xây dựng (Investco), Công ty Cổ phần Bê Tông 620 Châu Thới, Công ty TNHH Xây dựng & Thương mại Thanh Danh, và Công ty CP Đầu tư hạ tầng kỹ thuật TP. HCM (CII) đã được UBND Thành phố công nhận trúng thầu đầu tư dự án BOT cầu Phú Mỹ. Trên cơ sở này, các bên đã thống nhất cùng thành lập Công ty Cổ phần BOT Cầu Phú Mỹ với số vốn điều lệ là 500 tỷ đồng, trong đó CII tham gia 16% vốn điều lệ (tương ứng 80 tỷ đồng) và được chỉ định là đơn vị thực hiện dịch vụ thu phí giao thông sau khi công trình hoàn thành đưa vào khai thác.
Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng cắt băng khánh thành và tham quan cầu Phú Mỹ
Pháo hoa rực sáng trời đêm Lễ Quốc khánh nhân dịp khánh thành cầu Phú Mỹ
Tại buổi lễ, công ty cổ phần BOT cầu Phú Mỹ đơn vị chủ đầu tư cầu Phú Mỹ cũng đã đón nhận Huân chương Lao động hạng II của Chủ tịch nước trao tặng.
Ông Nguyễn Thành Thái - tổng giám đốc Công ty cổ phần BOT cầu Phú Mỹ - cho biết từ hôm nay 1-4-2010 sẽ thu phí giao thông (TPGT) qua cầu Phú Mỹ. Mức TPGT qua cầu Phú Mỹ cao hơn so với mức thu phí tại trạm xa lộ Hà Nội ở loại xe trên 31 chỗ ngồi, xe tải 4-10 tấn, xe container 20 feet và 40 feet.
Công ty cổ phần BOT cầu Phú Mỹ và Công ty cổ phần đầu tư hạ tầng kỹ thuật TP.HCM (CII - đơn vị quản lý trạm TPGT xa lộ Hà Nội) đã thống nhất các ôtô chỉ chịu một lần TPGT khi qua hai trạm thu phí này.
Cụ thể, xe lưu thông từ Q.7 qua Q.2, sau khi nộp phí ở cầu Phú Mỹ sẽ đến một cabin của CII để nhận phiếu miễn phí đi qua trạm xa lộ Hà Nội.
Trường hợp xe đã nộp phí ở trạm thu phí xa lộ Hà Nội, khi đến một cabin của CII (đặt trước trạm thu phí cầu Phú Mỹ) sẽ được hoàn trả tiền đã nộp ở trạm thu phí xa lộ Hà Nội trước khi vào trạm thu phí cầu Phú Mỹ.
Ông Nguyễn Thành Thái cho biết từ nay đến ngày 15-4, do CII đang lắp đặt camera quan sát xe lưu thông vào liên tỉnh lộ 25 đến cầu Phú Mỹ nên có thể một số trường hợp xe bị thu hai lần phí giao thông. Với các trường hợp này, CII có trách nhiệm hoàn phí giao thông đã thu ở trạm xa lộ Hà Nội đối với những xe qua cầu Phú Mỹ.